Tres son los parajes naturales del término municipal del Puerto de Santa María, tres son los espacios incluidos en la Red de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía (RENPA), en primer lugar, y el más grande, es el Parque Natural de la Bahía de Cádiz, por otro lado destacamos también el Complejo endorreico del Puerto de Sta. María (es una Reserva Natural) y por último los Pinares y Dunas de San Antón.

El Parque Natural de la Bahía de Cádiz son casi 11.000 hectáreas protegidas desde 1989, en este parque se protegen marismas, arenales, playas y pinares y posee una fauna y una flora rica en diversidad. En cuanto al Complejo Endorreico, son 300 hectáreas protegidas donde encontramos aves acuáticas como el Ánade Real y la Focha.

En cuanto a los pinares y las dunas de San Antón, fueron declarados hace más de una década como espacio protegido de la Comunidad andaluza, de la RENPA.