Falar na história del Puerto de Santa Maria é falar na história da descuberta de América. Esta cidade está muito ligada à figura de Critóvão Colombo e a Pinta, a Niña e a Santa Maria, os barcos que participaram na primeira viagem. Mas muito antes de que esses barcos fossem construídos esta zona já tinha a sua história.

Desde a época do paleolítico e do mesolítico conhecem-se assentamentos nesta zona da Península ibérica. E nos últimos anos está-se a desenterrar outro assentamento fenício.

Na nossa era, concretamente no 711, os muçulmanos e os cristões tiveram uma importante batalha à beira do Guadalete. Esta batalha significou o assentamento árabe nestas terras, assentamento que se prolongou até à reconquista, no ano 1260, por parte de Alfonso X. Este rei dá a
carta puebla (documento onde se reconhece o caracter de vila) àquilo que na altura chamou-se Santa maría del Puerto. A cidade pertencia à coroa de Castela.

No sécuulo XIV, a casa do duque de Medinaceli, consegue a cidade e começa a época dourada da história de El Puerto. No século XV, mais concretamente, no seu último quarto, Cristóvão
o Colombo morou nestas terras en tanto procurava financiamento para a sua viagem às Indias. Foi o lugar onde se construiu a Santa Maria, o lugar de onde se partira na segunda viagem e o lugar que veu nascer o primeiro Mapamundi no que se incluia a nova terra: as Américas.

Estas circunstâncias fizeram de El Puerto um lugar de encontro para constructores de naves e mercadores, o que facilitou a proliferaçao de casas-palácio na zona.

A cidade de El Puerto que podemos ver na actualidade, começou a formar-se nesta época.
De facto, durante os séculos XVI e XVII El Puerto de Santa Maria acolheu a base da Capitania do mar, das chamada Galeras reais e da frota espanhola, a qual, nessa altura, era a mais poderosa do mundo. Em 1929, El Puerto de Santa Maria passou a formar parte da coroa espanhola.

O Século das Luzes, o XVIII, vê como El Puerto de Santa Maria, um lugar onde moravam numerosos ilustrados, converteu-se num quartel francês durante a Guerra da Independência, sob o reinado de José Bonaparte, também conhecido como Pepe Botella devido à sua afição ao vinho.

El Puerto de Santa Maria teve muita influência nas batalhas do século XIX na Península Ibérica. Foi um lugar de qual saiu parte de carta magna de 1812; o lugar onde, anos mais tarde, Fernando VII, o Absolutista, desembarcou e derrogou a Constituição de Cádis de 1812. Com o tempo, a cidade seguiu crecendo e continuou a ser um ponto estratégico onde se faziam importantes transacções portuárias. E a sua indústria continuou a crescer também, a poco e poco.

El Puerto de Santa Maria é um dos principais núcleos industriais e centros do lazer da Baia de Cádis. Centros comerciais como o de Vista hermosa ou Baia del Mar, e empresas vinícolas como Osborne, Terry, Caballero, 501 ou Grant, entre outras, são conhecidas internacionalmente. Mas na economia da cidade também sao de salientar outras duas actividades: a indústria piscatória e, sobre todo, o turismo.